隨著工業的發展和有機肥料來源的局限性，化肥的用量呈大幅度增長的趨勢，它對提高產量起到了重要作用。但是，化肥特別是氮肥使用過多，對生態環境帶來了一些負效應，嚴重的已形成公害。（例如氮肥中氨素的揮發，以及硝化、反硝化過程中排放出大量的二氧化氮有害氣體，對人及動植物均會造成不同程度的傷害?；侍貏e是氮肥和磷肥通過各種渠道流入湖泊、河流等水域，從而造成水體中富集營養以及地下水的污染。）另外，劣質磷肥中所含的三氯乙醛進入水體后成為水合三氯乙酸，可直接污染水體。長期使用氮肥，還會使土壤中碳氮比失調，致使土壤微生物向腐殖質中尋求碳源和其他營養，使其分解從而造成土壤板結，理化性質變劣。硫酸銨、氯化銨等生理酸性肥料使用過多，易改變土壤的化學性質，隨著理化性質的改變，土壤微生物的區系也隨之改變，如纖維素分解細jun的減少，可使土壤中有機質難以腐爛。氮肥使用不當還會促使土壤中病原菌數量增多，果樹等作物上大量使用氮肥，還會使蚜蟲等蟲害加重。